In einer Studie von Siqueira et al. waren in allen endodontisch behandelten Zähnen mit apikaler Entzündung Mikroorganismen nachweisbar, was den Verdacht einer chronischen Infektion nahelegt. Richardson et al. weisen 75 verschiedene Bakterienstämme in wurzelbehandelten Zähnen mit apikaler Ostitis nach. Besonders häufig findet man in und um die toten Zähne Enterococcus faecalis, Capnocytophaga ochracea, Fusobacterium nucleatum, Leptotrichia buccalis, Gemella morbillorum und Porphyromonas gingivalis. Vier dieser benannten Spezies befallen das Herz, drei das Nervensystem, zwei Nieren und Gehirn, eine die Kieferhöhle. Ist auf dem Röntgenbild eine Entzündung der Wurzelspitze zu erkennen, ist die Misserfolgsquote einer Wurzelbehandlung auf Grund der chronischen Infektion deutlich erhöht.
Die vitale, gesunde Pulpa und damit das Immunsystem spielen bei der Abwehr dieser Keime eine entscheidende Rolle. Häufig entwickelt sich die durch die Besiedelung entstehende chronische Infektion zu einer chronischen Entzündung des umgebenden Knochens, das Immunsystem wird dauerhaft aktiviert. Die im Zuge der unspezifischen Immunreaktion aktivierten Makrophagen setzen Entzündungsmediatoren frei, TNF alpha, IL 1, Wachstumsfaktoren, Prostaglandine PGE2 und Leukotriene, die in der Blutbahn zirkulieren. Diese Entzündungsmediatoren begünstigen die Entwicklung oder Verschlechterung von chronischen Entzündungen und Autoimmunerkrankungen. Zusätzlich kommt es zur Stimulation von T Lymphozyten, die ihrerseits TNF beta produzieren, das auch im Verdacht steht chronische Entzündungen und Krebserkrankungen zu begünstigen. TNF beta erhöht nachweislich das Risiko an postmenopausalem Brustkrebs zu erkranken. T. Rau von der Paracelsus Klinik konnte einen deutlichen Zusammenhang zwischen Brustkrebs und Zähnen nachweisen. Bei über 96 Prozent der Brustkrebspatienten fanden sich wurzelbehandelte Zähne an einem oder mehreren Zähnen des Mamma Magenmeridians.